โครงการฟื้นฟูทรัพยากรชายฝั่งทะเลอันเนื่องมาจากพระราชดำริในปี 2545 หลังจากที่สมเด็จพระนางเจ้า ฯ  พระบรมราชินีนาถ ได้เสด็จพระราชดำเนินทรงประกอบพิธีเปิดโครงการฯ เมื่อวันที่ 1 ตุลาคม  2544 ณ ชายหาดบ้านละเวง อ.ไม้แก่น จ.ปัตตานี  ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานพระราชดำริให้มีการดำเนินการฟื้นฟูทรัพยากรชายฝั่งทะเล บริเวณจังหวัดปัตตานีและจังหวัดนราธิวาส แล้วได้มีการแต่งตั้งคณะกรรมการบริหารโครงการฯ  ประกอบด้วยท่านที่ปรึกษาและคณะกรรมการจากหน่วยงานต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้อง ดร.จรัลธาดา  กรรณสูต เป็นเลขานุการคณะกรรมการ คณะกรรมการฯ เห็นควรให้ดำเนินการเป็น 2  ขั้นตอน  คือ  ขั้นตอนที่ 1  งานเร่งด่วน  และขั้นตอนที่ 2  งานระยะยาว  สำหรับงานเร่งด่วนนั้น  ได้มีการสร้างความเข้าใจที่ดีให้เกิดขึ้นกับชาวประมงขนาดเล็กและชาวประมงพาณิชย์  ซึ่งก็ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานเลี้ยงและเชิญให้ชาวประมงทั้งสองฝ่ายมาพบกัน และเกิดความร่วมมือในการที่จะแบ่งใช้ทรัพยากรอย่างถูกต้อง ซึ่งทำให้เกิดความสามัคคี และแบ่งปันกัน ในการใช้ประโยชน์จากสัตว์น้ำอย่างยั่งยืน 
          ในส่วนของทางราชการ มีการสร้างแนวปะการังเทียมขึ้นอย่างเร่งด่วน เพื่อให้เป็นแหล่งอาศัยของสัตว์น้ำ และเป็นที่ทำมาหากินของชาวประมงแบบพื้นบ้าน  การสร้างปะการังเทียม  แบบทั่วไปใช้วิธีวางแท่งคอนกรีตโปร่ง ซึ่งต้องใช้เวลาในการตั้งงบประมาณ และก่อสร้างเป็นเวลานาน จึงเห็นควรให้หาวัสดุใช้แล้วที่ไม่เป็นอันตรายต่อสิ่งแวดล้อม  มาลงเป็นปะการังเทียมในระยะยาว  เมื่อหน่วยงานต่างๆ  ได้ทราบถึงแนวพระราชดำริ  ก็ได้แสดงความจำนงที่จะถวายวัสดุใช้แล้ว  เพื่อจัดสร้างเป็นปะการังเทียม  ได้แก่  การรถไฟแห่งประเทศไทย ได้ถวายตู้รถไฟจำนวน  208  ตู้  และกรมทางหลวงแผ่นดินได้ถวายท่อคอนกรีตชำรุด  จำนวน 707  ท่อ  เพื่อนำมาจัดวางเป็นปะการังเทียม  ได้อย่างรวดเร็ว  แต่เนื่องจากตู้รถไฟเป็นวัสดุที่ทำจากเหล็ก  และมีขนาดใหญ่  จำเป็นจะต้องมีการศึกษาผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมเสียก่อน  เพื่อจะมั่นใจได้ว่าไม่อันตรายต่อสิ่งแวดล้อม 
          โครงการได้รับพระมหากรุณาธิคุณล้นเกล้าจาก สมเด็จพระบรมโอรสาธิราช  สยามมกุฎราชกุมาร  ในการที่ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้กองทัพเรือทำการศึกษาในเรื่องอิทธิพลของกระแสน้ำ ซึ่งอาจจะเปลี่ยนไปและจะมีผลต่อชายฝั่งอย่างใดหรือไม่ ซึ่งก็ได้รับทราบข้อมูลทางวิชาการว่า  หากนำตู้รถไฟลงไปวางในระดับน้ำที่ลึกเกิน  20  เมตร  จะไม่มีผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมและชายฝั่งทะเล  ทางด้านชีววิทยาและเคมี  กรมประมงได้ทำการศึกษาถึงผลกระทบของเหล็กที่มีต่อน้ำทะเล  และสิ่งมีชีวิตต่าง ๆ  ซึ่งได้รับผลว่าไม่มีอันตราย
          เมื่อคณะกรรมการมีความมั่นใจ  จึงอนุมัติให้ดำเนินการ  จัดสร้างปะการังเทียมหรือแหล่งอาศัยสัตว์น้ำได้  โดยสำนักงาน  กปร.  จะได้สนับสนุนทางด้านงบประมาณในการขนย้ายและทิ้งตู้รถไฟลงในทะเล
          กรมประมง  ได้สำรวจจุดที่เหมาะสมในการทิ้งตู้รถไฟและทำการประชุมชาวบ้านซึ่งมีอาชีพประมงขนาดเล็ก  เพื่อตกลงกันในจุดที่จะดำเนินการ  ซึ่งเห็นควรให้ทิ้งเสริมระหว่างแนวปะการังเทียมเก่า  ซึ่งกรมประมงได้ดำเนินการไว้แล้วตั้งแต่ปี  2542 - 2543  ในบริเวณทะเลนอกฝั่ง  อำเภอสายบุรี  มีระยะห่างจากฝั่งประมาณ 11 - 12  กิโลเมตร  และความลึกของน้ำประมาณ  25 - 30  เมตร
          การรถไฟได้ดำเนินการลำเลียงตู้รถไฟที่จะมอบให้โครงการไปรวบรวมไว้ที่ท่าเทียบเรือจุกเสม็ด  อำเภอสัตหีบ  จังหวัดชลบุรี  ซึ่งเป็นพื้นที่ของกองทัพเรือ  ตู้รถไฟทั้งหมดเป็นตู้สินค้า  ขนาดความยาว  6.5  เมตร  กว้างและสูงเท่ากัน  2.18  เมตร  มีเหล็กหนา  3.2  มิลลิเมตร  มีน้ำหนักเมื่อถอดล้อออกแล้ว  5.5  ตัน  การรถไฟแห่งประเทศไทย ได้ดำเนินการถอดล้อทำความสะอาดตู้ให้ปราศจากคราบน้ำมัน  เปิดประตูทั้งสอง  และเชื่อมให้เปิดอย่างถาวร และได้ส่งมอบตั้งแต่วันที่  5  มีนาคม  2545  จนแล้วเสร็จ  ในวันที่  26  มีนาคม  2545  กองทัพเรือได้กรุณาช่วยลำเลียงตู้รถไฟดังกล่าวไปยังท่าเทียบเรือ  กรมประมงได้จ้างเหมาเรือบรรทุกสินค้าขนาด  5,000 ตัน  ซึ่งเป็นบริษัทเอกชนเป็นเงิน  5.6  ล้านบาท  โดยแบ่งการลำเลียงเป็น  2  เที่ยว  เที่ยวที่ 1  จำนวน  110  ตู้  ในวันที่  27  มีนาคม  2545  โดยเรือใช้เวลาเดินทางจากสัตหีบถึงอำเภอสายบุรี  ใช้เวลาประมาณ  2  วัน  และได้จัดวางตู้รถไฟลงในทะเลในวันที่  30  มีนาคม  2545  และเที่ยวที่ 2  ในวันที่  4  เมษายน  2545  การจัดวางตู้รถไฟได้กระทำเป็น  5  กอง  กองละ  41 ถึง 42  ตู้ การทิ้งใช้วิธีใช้เครนหย่อนลงไปจนถึงพื้นใต้น้ำการวาง ๆ ป็นกลุ่มแบบไม่เป็นระเบียบ
          ในส่วนของท่อคอนกรีตระบายน้ำ  ซึ่งกรมทางหลวงน้อมเกล้าฯ ถวาย  ประกอบด้วยท่อขนาดเส้นผ่าศูนย์กลาง 60, 80, 100 และ  120 เซนติเมตร  ได้ดำเนินการจัดวางบริเวณทะเลหน้าบ้านทอน  อำเภอเมือง  จังหวัดนราธิวาส  โดยห่างจากฝั่ง  10  กิโลเมตร  ความลึกของน้ำประมาณ  21  เมตร  ใช้เรือแพลำเลียงเขากวางของกรมประมง  ซึ่งเป็นแพสำหรับทิ้งปะการังเทียมมีจำนวนทั้งหมด  707  ท่อ  ได้ดำเนินการเสร็จสิ้นเมื่อ  วันที่  18  มีนาคม  2545
          สำหรับการดำเนินงานในปลายปี  2545  จะได้มีการวางปะการังเทียมแบบบล๊อคคอนกรีต  โดยงบประมาณปกติของกรมประมง  ในจังหวัดปัตตานีและจังหวัดนราธิวาสเพิ่มขึ้นอีกรวม  4  จุด  จุดละประมาณ  700  ก้อน  ในพื้นที่ดังต่อไปนี้ 
          1.   บ้านแฆแฆ  อ.ปะนาเระ  จ.ปัตตานี
          2.   บ้านลุ่ม  อ.สายบุรี  จ.ปัตตานี
          3.   บ้านละเวง  อ.ไม้แก่น  จ.ปัตตานี
          4.   ชุมชนกาแลตาแป  อ.เมือง  จ. นราธิวาส

          นอกจากนี้ สำนักงาน กปร. ได้สนับสนุนงบประมาณเพื่อปรับปรุงประสิทธิภาพการผลิตสัตว์น้ำให้ศูนย์พัฒนาการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่งนราธิวาส จำนวน 2,679,000 บาท และสถานีเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่งจังหวัดปัตตานี จำนวน  2,466,000 บาท   รวมทั้งสิ้นเป็นจำนวนเงิน 5,145,000
ในปี 2546 จะได้มีการวางปะการังแบบเทียมแบบบล็อคคอนกรีตเป็นบริเวณกว้างในทะเลหน้าจังหวัดนราธิวาสและจังหวัดปัตตานี
โดยใช้งบประมาณปกติของกรมประมง จำนวน  29  ล้านบาท ซึ่งจะได้กำหนดจุดพิกัดต่อไป  นอกจากนี้สำนักงาน กปร.   ได้ตกลงว่าจะให้การสนับสนุนงบประมาณในปี 2546   อีก 1 ปีแก่ศูนย์พัฒนาประมงทะเลอ่าวไทยตอนล่าง เพื่อทำการติดตามประเมินผลการวางปะการังเทียมในพื้นที่โครงการ   ตลอดจนให้งบประมาณสนับสนุนศูนย์พัฒนาการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่งนราธิวาสและสถานีเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่ง  จ. ปัตตานี ในการผลิตสัตว์น้ำเพื่อปล่อยในพื้นที่โครงการ
กรมประมงได้มีแผนที่จะวางตู้รถไฟเก่าเพื่อเป็นแหล่งที่อยู่อาศัยของสัตว์น้ำอีก 100 ตู้  
ส่วนในปีงบประมาณ 2547 กรมประมงจะต้องตั้งงบปกติเพื่อดำเนินการในกิจกรรมที่เกี่ยวข้องและต่อเนื่องในโครงการฯ ต่อไป