การบริหารจัดการน้ำป้องกันเมืองหาดใหญ่ แบ่งเป็น 3 แนวทางหลักคือ ด้านต้นน้ำ บริหารจัดการน้ำในอ่างเก็บน้ำขนาดกลาง จำนวน 3 แห่ง ของจังหวัดสงขลา คือ อ่างเก็บน้ำคลองสะเดา อ่างเก็บน้ำคลองหลา และอ่างเก็บน้ำคลองจำไหร ซึ่งมีความจุรวมกัน 84.161 ล้าน ลบ.ม. ด้านกลางน้ำ บริหารจัดการโดยให้ปริมาณน้ำในคลองอู่ตะเภาไหลผ่านตัวเมืองหาดใหญ่ไม่เกิน 465 ลบ.ม./วินาที เพื่อไม่ให้เกิดผลกระทบกับตัวเมืองหาดใหญ่ ส่วนปริมาณน้ำที่เหลือ ผันอ้อมเมืองหาดใหญ่ลงคลองระบายน้ำ ร.1 ออกทะเลสาบสงขลา ด้านปลายน้ำ เร่งระบายน้ำลงทะเลสาบสงขลา ซึ่งได้ทำการขุดลอกคลองธรรมชาติสายหลักและสายรอง เสร็จเรียบร้อยแล้ว จำนวน 25 สาย การบริหารจัดการน้ำโครงการบรรเทาอุทกภัยอำเภอหาดใหญ่ ใช้ข้อมูลน้ำฝน-น้ำท่า จากระบบโทรมาตรอุทกวิทยาลุ่มน้ำคลองอู่ตะเภา มีจุดเฝ้าระวังเพื่อการแจ้งเตือนภัยน้ำท่วมอำเภอหาดใหญ่ 3 จุด ประกอบด้วย สถานี X 173 A (บ้านม่วงก็อง) อำเภอสะเดา , สถานี X.90 (บ้านบางศาลา) อำเภอคลองหอยโข่ง และประตูระบายน้ำคลองอู่ตะเภา อำเภอหาดใหญ่ โครงการชลประทานสงขลา ได้เตรียมความพร้อมของเครื่องจักร เครื่องมือ วัสดุอุปกรณ์ต่างๆ และบุคลากร เพื่อให้การดำเนินการแก้ไขปัญหาอุทกภัยที่อาจจะเกิดขึ้นได้อย่างรวดเร็ว ประกอบด้วย เครื่องสูบน้ำ 50 เครื่อง รถขุด 5 คัน รถบรรทุก 5 คัน เรือขุด 1 ลำ รถแทรคเตอร์ จำนวน 4 คัน และรถเครน 2 คัน รวมทั้งจัดแบ่งกำลังคนเพื่อรับผิดชอบตามภารกิจต่างๆ