จากแนวพระราชดำริในสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เมื่อวันที่ 24 กันยายน 2551 ดังกล่าวข้างต้น สำนักงาน กปร. ร่วมกับจังหวัดนราธิวาส สำนักงานสหกรณ์จังหวัดนราธิวาส ศูนย์ศึกษาการพัฒนาพิกุลทองอันเนื่องมาจากพระราชดำริ โครงการส่งน้ำและบำรุงรักษาลุ่มน้ำโก-ลก องค์การบริหารส่วนตำบลเกาะสะท้อน ตลอดจนราษฎรในพื้นที่ได้ประชุมหารือร่วมกัน และได้กำหนดแนวทางในการพัฒนา ดังนี้
1. การจัดสร้างโรงสีพร้อมจัดหาเครื่องสีข้าวและอุปกรณ์ใหม่มาทดแทนและการเพิ่มองค์ความรู้และการบริหารจัดการโรงสีข้าวแก่ผู้นำสหกรณ์ ผู้นำชุมชน และเยาวชนในพื้นที่
2. การปรับปรุงโรงสีพิกุลทองเดิมให้เป็น พิพิธภัณฑ์ โดยสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ได้พระราชทานพระราชดำริเพิ่มเติมเมื่อวันที่วันจันทร์ที่ 21 กันยายน 2552 ณ โรงสีพิกุลทอง หมู่ที่ 1 บ้านปูยู ตำบลเกาะสะท้อน อำเภอตากใบ จังหวัดนราธิวาส เพื่อทรงติดตามผลการดำเนินงานการจัดสร้างพิพิธภัณฑ์โรงสีพิกุลทอง การก่อสร้างโรงสีพิกุลทองแห่งใหม่ และทรงเยี่ยมราษฎรในพื้นที่ดังกล่าว สรุปความว่า
- เครื่องสีข้าวเครื่องเดิมไม่ต้องเดินเครื่องแล้ว ให้เก็บเอาไว้ตามสภาพที่เป็นอยู่ เพราะว่าสีได้ไม่นาน เครื่องก็เสีย
- เนื้อหาในพิพิธภัณฑ์ให้นำเสนอเรื่องที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ได้พระราชทานแนวทางในการแก้ไขปัญหาในพื้นที่ ซึ่งมีจุดเริ่มต้น คือ ระบบน้ำเพื่อการทำนา การก่อสร้างประตูระบายน้ำ การปรับปรุงดิน และขอให้สอนในเรื่องความรู้ทางวิชาการ เช่น ข้าวจังหวัดนราธิวาสมีความชื้นสูง เมื่อนำมาสีเมล็ดข้าวจะหัก ต้องมีการวัดความชื้นและทำการลดความชื้นในเมล็ดข้าวก่อนที่จะนำไปสี รวมทั้งจัดแสดงพันธุ์ข้าวที่ชาวบ้านใช้ตั้งแต่เริ่มต้นจนถึงปัจจุบัน ตลอดจนวิถีชีวิตชาวนาในพื้นที่
- ที่นี่ผลผลิตข้าวได้มากที่สุดแห่งหนึ่งของจังหวัดนราธิวาส ให้นำคนแก่ที่เล่าเรื่องได้มาให้ข้อมูล ตั้งแต่สมัยที่มีประตูระบายน้ำใหม่ ๆ ตอนที่นายแสวง พูลสุข เป็นอธิบดีกรมชลประทาน
- ให้การเงินจังหวัดสอนเรื่องการทำบัญชีให้แก่คณะกรรมการโรงสีด้วย
- ให้มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ เข้ามามีส่วนสนับสนุนโดย
- คณะวิศวกรรม ดูแลรักษาเครื่องจักร/โรงสี
- คณะวิทยาการจัดการ ดูแลเรื่องการบริหารจัดการ
- คณะเกษตร ดูแลเรื่องพันธุ์ข้าวและการดูแลรักษา
โดยเนื้อหาสาระของพิพิธภัณฑ์จะมีนิทรรศการการพัฒนาตามโครงการพระราชดำริ อย่างครบวงจร ประกอบด้วย
1. นิทรรศการเกี่ยวกับโครงการชลประทานมูโนะอันเนื่องมาจากพระราชดำริในพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว
2. นิทรรศการเกี่ยวกับโครงการแกล้งดินของศูนย์ศึกษาการพัฒนาพิกุลทองฯ
3. นิทรรศการเกี่ยวกับการพัฒนาอาชีพด้านการเกษตร เช่น พันธุ์ข้าว โรงสีพิกุลทอง โรงสีข้าวซ้อมมือขนาดเล็ก การแปรรูปทางการเกษตร การทำบัญชีครัวเรือน ฯลฯ
4. นิทรรศการแสดงเครื่องมือเครื่องใช้ในการทำนาตามวิธีชีวิตท้องถิ่นของ ชาวอำเภอตากใบ จังหวัดนราธิวาส ปัจจุบันการจัดทำพิพิธภัณฑ์ได้ดำเนินงานไปแล้วบางส่วนโดยสาระสำคัญจะแล้วเสร็จสมบูรณ์ในปี พ.ศ. 2554