ป่าพรุสิรินธรเป็นส่วนหนึ่งของป่าพรุโต๊ะแดง ป่าพรุแห่งสุดท้ายของประเทศไทย ซึ่งคลุมพื้นที่ของ 3 อำเภอ คือ อำเภอตากใบ อำเภอสุไหงโกลก และอำเภอสุไหงปาดี มีพื้นที่ประมาณ 120,000 ไร่ แต่ส่วนที่สมบูรณ์โดยประมาณมีเพียง 50,000 ไร่ เป็นป่าที่ยังคงความอุดมสมบูรณ์ด้วยสัตว์ป่าและ พรรณไม้ พื้นที่ป่าพรุมีลำน้ำสำคัญหลายสายไหลผ่าน คือ คลองสุไหงปาดี แม่น้ำบางนรา และคลองโต๊ะแดง อันเป็นที่มาของชื่อป่าภายในศูนย์ฯ ได้จัดให้มีทางเดินป่าศึกษาธรรมชาติ เพื่อประชาสัมพันธ์ความรู้ด้านต่างๆ ที่เกี่ยวกับธรรมชาติของป่าพรุ เริ่มที่บึงน้ำด้านหลังอาคารศูนย์วิจัยและศึกษาธรรมชาติป่าพรุสิรินธรเป็นสะพานไม้ต่อลัดเลาะเข้าไปในป่าพรุ ระยะทาง 1,200 เมตร บางช่วงเป็นสะพานไม้ร้อยลวดสลิง บางช่วงเป็นหอสูงสำหรับมองทิวทัศน์เบื้องล่างที่ชอุ่มไปด้วยไม้นานาพรรณในป่าพรุ จะมีป้ายชื่อต้นไม้ที่น่าสนใจ และซุ้มความรู้อยู่เป็นจุดๆ สำหรับให้ความรู้แก่ผู้เดินชมด้วย เปิดทุกวันเวลา 8.00-16.00 น. ไม่เสียค่าเข้าชม และยังมีห้องจัดนิทรรศการให้ความรู้แก่คนที่มาเที่ยวชมอีกด้วย
     ป่าพรุ หรือ peat swamp forest เกิดขึ้นได้อย่างไร คำตอบคือ เกิดจากแอ่งน้ำจืดขังติดต่อกันชั่วนาตาปี และมีการสะสมของชั้นดินอินทรียวัตถุ ก็คือซากพืช ซากต้นไม้ ใบไม้ จนย่อยสลายอย่างช้าๆ กลายเป็นดินพีท (peat) หรือดินอินทรีย์ที่มีลักษณะหยุ่นยวบเหมือนฟองน้ำมีความหนาแน่นน้อยอุ้มน้ำได้มาก และพบว่ามีการสะสมระหว่างดินพีท กับดินตะกอนทะเล สลับชั้นกัน 2-3 ชั้น เนื่องจากน้ำทะเลเคยมีระดับสูงขึ้นจนท่วมป่าพรุ เกิดการสะสมของตะกอน น้ำทะเลถูกขังอยู่ด้านใน พันธุ์ไม้ในป่าพรุตายไปและเกิดป่าชายเลนขึ้นแทนที่ เมื่อระดับน้ำทะเลลดลงและมีฝนตกลงมาสะสมน้ำที่ขังอยู่จึงจืดลง และเกิดป่าพรุขึ้นอีกครั้ง ดินพรุชั้นล่างมีอายุถึง 6,000-7,000 ปี ส่วนดินพรุชั้นบนอยู่ระหว่าง 700-1,000 ปี
ระบบนิเวศน์ในป่าพรุนั้นมีหลากหลาย ทุกชีวิตล้วนเกี่ยวพันต่อเนื่องกัน ไม้ยืนต้นจะมีระบบรากแขนงแข็งแรงแผ่ออกไปเกาะเกี่ยวกันเพื่อจะได้ช่วยพยุงลำต้นของกันและกันให้ทรงตัวอยู่ได้ ฉะนั้นต้นไม้ในป่าพรุจึงอยู่รวมกันเป็นกลุ่ม หากต้นใดล้ม ต้นอื่นจะล้มตามไปด้วย
     พันธุ์ไม้ที่พบในป่าพรุมีกว่า 400 ชนิด บางอย่างนำมารับประทานได้ เช่น หลุมพี ซึ่งเป็นไม้ในตระกูลปาล์ม มีลักษณะต้นและใบคล้ายปาล์ม แต่มีหนามแหลมอยู่ตลอดก้าน ผลมีลักษณะคล้ายระกำ แต่จะเล็กกว่า รสชาติออกเปรี้ยว ชาวบ้านนำมาดองและส่งขายฝั่งมาเลเซีย ซึ่งคนมาเลย์จะนิยมมาก ฤดูเก็บจะอยู่ในช่วงเดือน พฤศจิกายน-มีนาคม ถ้าเป็นช่วงอื่นจะหายากและราคาสูง บางอย่างเป็นพืชพรรณในเขตมาเลเซีย เช่น หมากแดง ซึ่งมีลำต้นสีแดง เป็นปาล์มชั้นดีมีราคา มีผู้นิยมนำไปเพาะเพื่อประดับสวน เพราะความสวยของกาบและใบ ลำต้นมีสีแดงดังชื่อ ยังมีพืชอีกหลายชนิดที่น่าสนใจ เช่น ปาหนันช้าง พืชในวงศ์กระดังงาที่มีดอกใหญ่และกล้วยไม้กับพืชเล็กๆ ซึ่งจะต้องสังเกตดีๆ จึงจะได้เห็นสัตว์ป่าที่พบกว่า 200 ชนิด เช่น ค่าง ชะมด หมูป่า หมีขอ แมวป่าหัวแบน(ซึ่งเป็นสัตว์คุ้มครองที่หายากอีกชนิดหนึ่งของไทย) หนูสิงคโปร์ พบค่อนข้างยากในคาบสมุทรมลายูแต่ชุกชุมมากบนเกาะสิงคโปร์ สำหรับประเทศไทยพบชุกชุมในป่าพรุโต๊ะแดงนี้เท่านั้น และหากป่าพรุถูกทำลายหนูเหล่านี้อาจออกไปทำลายผลิตผลของเกษตรกรในพื้นที่โดยรอบได้
     พันธุ์ปลาที่พบ ได้แก่ ปลาปากยื่น เป็นปลาชนิดใหม่ของโลกพบที่ป่าพรุสิรินธรนี้เท่านั้น ปลาดุกรำพัน ที่มีรูปร่างคล้ายงูซึ่งอาจพัฒนาเป็นปลาเศรษฐกิจที่ใช้เลี้ยงในแหล่งที่มีปัญหาน้ำเปรี้ยวได้ ปลากะแมะ รูปร่างประหลาดมีหัวแบนๆกว้างๆ และลำตัวค่อยๆยาวเรียวไปจนถึงหาง มีเงี่ยงพิษอยู่ที่ครีบหลัง ปลาเหล่านี้จะอาศัยป่าพรุเป็นพื้นที่หลบภัยและวางไข่ก่อนที่จะแพร่ลูกหลานออกไปให้ชาวบ้านได้อาศัยเป็นเครื่องยังชีพ
     นกที่นี่มีหลายชนิด แต่ที่เด่นๆ ได้แก่ นกกางเขนดงหางแดง มีมากในเกาะสุมาตรา เกาะบอร์เนียว และมาเลเซีย ในประเทศไทยพบครั้งแรกที่นี่เมื่อปีพ.ศ. 2530 นกจับแมลงสีฟ้ามาเลเซีย ซึ่งในประเทศไทยจะพบที่ป่าพรุสิรินธรเพียงแห่งเดียวเท่านั้น และปัจจุบันนกทั้งสองชนิดอยู่ในภาวะล่อแหลมต่อการสูญพันธุ์
     ความน่าสนใจของป่าพรุไม่ใช่เพียงแต่ พรรณไม้แปลกๆ สัตว์ป่าหายาก แต่คนที่ไปเที่ยวโดยเฉพาะเด็กๆจะได้ประสบการณ์ชีวิตกลับไปมากมาย จากธรรมชาติรอบตัวบางทีหากเดินชมธรรมชาติเงียบๆอาจจะได้พบสัตว์ป่ากำลังหาอาหารอยู่ก็เป็นได้ เส้นทางนี้นำเราเข้าไปหาธรรมชาติอย่างใกล้ชิดแต่ก็ไม่ได้นำเราเข้าไปล่วงเกินธรรมชาติมากนัก
     หากนำคู่มือดูนก สมุดบันทึก ดินสอสี กล้องส่องตา กล้องถ่ายรูป และยาทากันยุงไปด้วย อาจจะเพลิดเพลินจนใช้เวลาในนี้ได้ทั้งวัน อากาศสดชื่นเย็นสบายในป่าพรุก็ยังทำให้คนที่เข้าไปเยือนรู้สึกสดชื่นประทับใจ แต่ช่วงเวลาที่มาท่องเที่ยวได้สะดวกคือ กุมภาพันธ์-เมษายน เพราะฝนจะตกน้อยที่สุด เนื่องจากป่าพรุมีภูมิอากาศแบบคาบสมุทร ฉะนั้นจึงมีฝนตกชุกตลอดปี