การดําเนินงานโครงการพัฒนาดอยตุงแบ่งออกเป็น 3 ระยะ คือ ระยะที่ 1 ตั้งแต่ปี 2534-2536 ระยที่ 2 ตั้งแต่ปี 2537-2545 ระยะที่ 3 ตั้งแต่ปี 2546-2560 นับตั้งแต่คณะรัฐมนตรีได้ให้ความเห็นชอบในการดําเนินการตามโครงการพัฒนาดอยตุง จังหวัดเชียงราย เมื่อวันที่26 เมาายน 2531 ซึ่งมีพื้นที่เป้าหมายสําหรับทรงงาน จํานวน 6 แห่ง ครอบคลุมพื้นที่ประมาณ 7,737 ไร่ มีกรอบแนวทางดําเนินการและหน่วยงานรับผิดชอบดังนี้

1.พื้นที่ที่ 1 บ.ลาบา ต.แม่ไร่ กิ่ง อ.แม่ฟ้าหลวง จ.เชียงราย มีพื้นที่ 983 ไร่
2.พื้นที่ที่ 2 หน่วยย่อยป่าไม้ ต.แม่ไร่ กิ่ง อ.แม่ฟ้าหลวง จ.เชียงราย มีเนื้อที่ 1,390 ไร่
3.พื้นที่ที่ 3 บ.จะลอ ต.แม่ไร่ กิ่ง อ.แม่ฟ้าหลวง จ.เชียงราย มีเนื้อที่ 175 ไร่
4.พื้นที่ที่ 4 บ.ผาหมี ต.เวียงพางคํา อ.แม่สาย จ.เชียงราย มีเนื้อที่ 2,464 ไร่
5.พื้นที่ที่ 5 พื้นที่บริเวณรอบพระตําหนักดอยตุง กิ่ง อ.แม่ฟ้าหลวง จ.เชียงราย มีเนื้อที่ 1,963 ไร่
6.พื้นที่ที่ 6 พื้นที่ระหว่างบริเวณ หลังวัดน้อยดอยตุง และบ.อีก้อผาฮี้ กิ่ง อ.แม่ฟ้าหลวง จ.เชียงราย มีเนื้อที่ 730 ไร่ในเวลาต่อมาได้มีการขยายพื้นที่ออกไปอีกรวมเป็น 27 หมู่บ้าน รวมเป็นพื้นที่ในโครงการพัฒนาดอยตุงประมาณ 93,515 ไร่

แผนการดำเนินงาน
1.แผนงานพัฒนาการเกษตรและอาชีพ
-งานทดสอบปลูกเลี้ยงไม้ดอกไม้ประดับ ดูแลไม้ดอกที่เป็นแม่พันธุ์ คัดพันธุ์ทดสอบพืชเศรษฐกิจ เพื่อค้นหาพันธุ์ ที่เหมาะสมกับสภาพดินฟ้าอากาศของ คพต.พ. งานทดลองปลูกและขยายพันธุ์ RHODODENDRON, AZALEA และงานปรับปรุง พันธุ์หน้าวัว
2.แผนงานคุ้มครองทรัพยากรธรรมชาติ
-ดำเนินการปลูก AZALEA จำนวน 89 สายพันธุ์ RHODODENDRON จำนวน 60 สายพันธุ์ และบำรุงรักษาต้นไม้ที่ปลูกบริเวณสวน ทั้งหมดพร้อมต้นไม้ใหญ่ โดยกำจัดวัชพืชแปลงต่าง ๆ
3.แผนงานพัฒนาสังคมและคุณภาพชีวิต
3.1งานมวลชนสัมพันธ์
-โดยการจัดส่งเจ้าหน้าที่ 10 คน เข้าไปประจำอยู่ใน 26 หมู่บ้าน เพื่อประสานงานกับส่วนราชการ และประสานการ พัฒนาคุณภาพชีวิตของประชาชนในพื้นที่ สำรวจข้อมูลสภาพเศรษฐกิจ - สังคม การประกอบอาชีพรายได้ - รายจ่ายของราษฎร เพื่อทำเป็นข้อมูลในการ วางแผนการพัฒนาต่อไป
3.2งานอบรมสัมมนาเพื่อบุคลากรและราษฎรในเขตโครงการฯ
-จัดประชุมประจำเดือนเจ้าหน้าที่พัฒนาสังคมและหน่วยงานต่าง ๆ
-จัดแข่งขันกีฬาพื้นบ้านเพื่อสร้างความสัมพันธ์ระหว่างเจ้าหน้าที่หน่วยงานต่าง ๆ และราษฎร
-จัดประชุมอาสาปลอดยาเสพติดเพื่อมอบประกาศเกียรติคุณให้แก่อาสาทุกคนที่เลิกยาเสพติดได้เด็ดขาด
-จัดประชุมสัมมนากลุ่มผู้นำประเพณีพื้นบ้าน ผู้นำหมู่บ้านและกรรมการหมู่บ้าน จัดฝึกอบรมผู้ประสานงาน คพต. ประจำหมู่บ้าน และจัดประชุมเชิงปฏิบัติการกลุ่มพัฒนาสตรีประจำหมู่บ้าน
3.3งานพัฒนาเด็กเล็ก
-จัดจ้างผู้ดูแลเด็ก เพื่อปฏิบัติงานในศูนย์พัฒนาเด็กเล็กและจัดซื้อวัสดุ - อุปกรณ์ สำหรับการจัดทำ สื่อการเรียนการสอน
3.4งานพัฒนาเด็กอ่อน
-จัดจ้างพี่เลี้ยงเด็กเพื่อดูแลเด็กในศูนย์พัฒนาเด็กอ่อน และเชิญเจ้าหน้าที่พยาบาลจากโรงพยาบาล และสถานีอนามัยมาให้คำแนะนำ ตรวจสุขภาพให้กับเด็ก จัดซื้อวัสดุใช้สอยให้แก่ศูนย์เด็กอ่อน
3.5โครงการรณรงค์และป้องกันโรคเอดส์
-ให้คำปรึกษาและเจาะโลหิตตรวจหาเชื้อเอชไอวี ให้แก่ หญิงตั้งครรภ์ กลุ่มวัยเจริญพันธุ์ในรายที่สมัครใจ จัดนิทรรศการเผยแพร่ให้ ความรู้ให้แก่ราษฎร
3.6งานศูนย์ฝึกอบรมผาหมี
-งานไม้หัว ได้มีการปลูกไม้หัวชนิดต่าง ๆ เพื่อจำหน่ายและขยายพันธุ์ เช่น แกลดิโอลัส บอนชมพู บอนขาว เป็นต้น และได้ส่งผลผลิตจาก ไม้หัวให้บริษัท นวุตะ จำกัด คือ บัวดินขาว ว่านแสงอาทิตย์ ฯลฯ
-งานสตอเบอรี่ ได้ดำเนินงานขยายพันธุ์นำมาปลูกและเก็บเกี่ยวผลผลิตเพื่อจำหน่าย
-งานผักปลอดสารพิษ เช่น ผักสลัดชนิดต่าง ๆ คะน้า ถั่วลันเตา ฯลฯ หมุนเวียนตลอดปี เพื่อจำหน่าย และบริโภค
- งานพื้นที่ 30 ไร่ ได้ทำการปลูกไม้ยืนต้น และพืชผักเสริมชนิดต่าง ๆ
-งานไม้ดอกไม้ประดับ ผลผลิตที่ได้จะจัดแบ่งไว้เพื่อตกแต่งภายในบริเวณศูนย์ บางส่วนเพื่อจำหน่าย สร้างรายได้และสนับสนุนหน่วยงานราชการต่าง ๆ
-งานการผลิตเห็ด เช่น เห็ดนางฟ้า นางรม ฮังการี ผลผลิตที่ได้ส่งจำหน่ายห้องอาหารของโครงการ และลูกค้าทั่วไป
-งานเกษตรอื่น ๆ มีผลผลิตส่งจำหน่ายได้ เช่น สิบสองปันนาต้นใหญ่ ยูคาลิปตัส บัว เฟิร์น ASPARAGUS เป็นต้น