สำนักงานคณะกรรมการพิเศษเพื่อประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ (สำนักงาน กปร.) เดิมเป็นหน่วยงานหนึ่งในกองวางแผนเตรียมพร้อมด้านเศรษฐกิจ สำนักงานคณะกรรมการพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ เรียกว่า สำนักงานเลขานุการ กปร.ยกฐานะขึ้นเป็นสำนักงานคณะกรรมการพิเศษเพื่อประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ (สำนักงาน กปร.) ในเวลาต่อมา แต่ยังสังกัดสำนักงานคณะกรรมการพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ

     ต่อมาวันที่ ๓ มีนาคม ๒๕๓๕ คณะรัฐมนตรี โดยนายอานันท์ ปันยารชุน นายกรัฐมนตรีได้มีมติอนุมัติในหลักการให้สำนักงาน กปร. แยกออกจากสำนักงานคณะกรรมการพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ โดยยกฐานะเป็นหน่วยงานระดับกรม สังกัดสำนักนายกรัฐมนตรี หัวหน้าส่วนราชการขึ้นตรงต่อนายกรัฐมนตรี