เมื่อสำนักงาน กปร. ได้รับโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริจากหน่วยงานต่างๆ ที่เสนอขอรับการสนับสนุนงบประมาณแล้วจะดำเนินการดังนี้ 1.สำนักงาน กปร. จะดำเนินการพิจารณาวิเคราะห์กลั่นกรองแผนงาน/โครงการ และงบประมาณ และนำเสนอต่อที่ประชุม กปร. พร้อมข้อเสนอแนะเพื่อพิจารณาอนุมัติแผนงาน/โครงการ และงบประมาณดังกล่าว ซึ่งการประชุม กปร. นี้จะกำหนดขึ้นตามความจำเป็น และเหมาะสม 2.กรณีที่เป็นโครงการที่มีความสำคัญ หรือเร่งด่วน เมื่อสำนักงาน กปร. ได้ดำเนินการพิจารณาวิเคราะห์ กลั่นกรองแผนงาน/โครงการที่หน่วยงานเสนอขอเรียบร้อยแล้ว จะดำเนินการนำเสนอต่อ ฯพณฯ นายกรัฐมนตรี ในฐานะประธาน กปร. เพื่อพิจารณาอนุมัติแผนงาน/โครงการ และงบประมาณต่างๆ เป็นรายโครงการต่อไปโดยทันที (ประธาน กปร. สามารถใช้อำนาจหน้าที่แทน กปร. ได้ โดยไม่ต้องรอการประชุม กปร.) อนึ่ง การอนุมัติของ กปร. หรือประธาน กปร. จะอนุมัติแผนงาน/โครงการ กิจกรรมพร้อมวงเงินงบประมาณค่าใช้จ่ายที่เหมาะสมตามความจำเป็น ซึ่งเมื่อหน่วยงานที่ได้รับการอนุมัติแผนงาน/โครงการ และงบประมาณได้เสนอขอรับการจัดสรรเงินงวดจากสำนักงบประมาณแล้ว อาจถูกตัดทอนจำนวนเงินตามมาตรฐานของสำนักงบประมาณตามความเหมาะสมอีกได้
1.สำนักงาน กปร. ทำหน้าที่ในฐานะเลขานุการคณะกรรมการพิเศษเพื่อประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ (กปร.) รับผิดชอบทั้งในด้านวิชาการ ประสานงาน และงานธุรการ ตลอดจนงานอื่นๆ ที่ กปร. มอบหมาย โดยมีเลขาธิการ กปร. เป็นหัวหน้าสำนักงาน
คณะกรรมการพิเศษเพื่อประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ เรียกโดยย่อว่า “กปร.” ซึ่งมีองค์ประกอบของคณะกรรมการ และรายละเอียดอำนาจหน้าที่ปรากฏในระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรีฯ ในภาคผนวกแนบท้าย
โครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ เป็นโครงการที่ส่งผลประโยชน์ให้แก่ประชาชนในส่วนต่างๆ ของประเทศโดยตรง โดยเฉพาะชาวชนบทที่ห่างไกลทุรกันดาร และยากจนอย่างแท้จริง โครงการเหล่านี้ ส่วนใหญ่เป็นโครงการที่มุ่งเน้นการพัฒนาคุณภาพชีวิตของคนในชาติ การบริหารทรัพยากร และอนุรักษ์สิ่งแวดล้อม และเสริมสร้างความมั่นคงของชาติ ซึ่งนอกจากจะส่งผลให้ประชาชนมีความเป็นอยู่ที่ดีแล้ว ยังก่อให้เกิดประโยชน์ต่อประเทศชาติเป็นส่วนรวมด้วย แต่การดำเนินงานสนองโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริที่ผ่านมา หน่วยงานต่างๆ ยังมีความยุ่งยาก สับสนในการจัดทำแผนงาน/โครงการ และการเสนอขอรับการสนับสนุนงบประมาณ จึงทำให้การดำเนินงานสนองโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริไม่เกิดประสิทธิภาพ และรวดเร็วเท่าที่ควร เนื่องจากไม่มีองค์กร และระบบการดำเนินงานเป็นส่วนรวมที่ชัดเจน รัฐบาลได้ตระหนักถึงความสำคัญของเรื่องดังกล่าวนี้ จึงได้ออกระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรีว่าด้วยโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ พ.ศ. 2524 ซึ่งต่อมา ได้แก้ไขปรับปรุงใหม่เป็นระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรี ว่าด้วยโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ พ.ศ. 2534 เพื่อให้เป็นหลักในการดำเนินงานสนองโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ รายละเอียดตามระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรีฯ ในภาคผนวกแนบท้าย
โครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ หมายถึงโครงการ แผนงาน หรือกิจกรรมใด ๆ ที่ส่วนราชการ รัฐวิสาหกิจ เป็นผู้ดำเนินงานเพื่อสนองพระราชดำริ