เมื่อมีการจัดตั้งศูนย์ศึกษาการพัฒนาฯ ของแต่ละศูนย์ ในระยะเริ่มแรกมีรูปแบบองค์ประกอบของคณะกรรมการบริหารและอนุกรรมการของแต่ละศูนย์ที่แตกต่างกันออกไป ทำให้การดำเนินงานของศูนย์ฯมีลักษณะหลากหลายและขาดเอกภาพ ดังนั้นเพื่อให้การดำเนินงานของศูนย์ศึกษาการพัฒนาฯสามารถจะดำเนินงานสนองพระราชดำริได้อย่างมีประสิทธิภาพ มีเอกภาพและสอดคล้องซึ่งกันและกัน คณะรัฐมนตรีจึงมีมติเมื่อวันที่ ๒๘ มกราคม ๒๕๓๕ ให้ดำเนินการปรับปรุงระบบบริหารงานของศูนย์ศึกษาการพัฒนาฯ โดยให้ยกเลิกคำสั่งแต่งตั้งคณะกรรมการบริหารโครงการและอนุกรรมการที่ถือปฏิบัติแต่เดิมทั้งหมด ให้แต่งตั้งคณะกรรมการบริหารโครงการ อนุกรรมการวางแผนและติดตามประเมินผลชุดเดียว ดังนี้
คณะกรรมการบริหารศูนย์ ประกอบด้วย องคมนตรีเป็นประธาน เลขาธิการ กปร. เป็นรองประธาน อธิบดีกรมที่เกี่ยวข้อง ๑๒ คน ผู้ว่าราชการจังหวัดที่ศูนย์ศึกษาการพัฒนาฯตั้งอยู่ ๖ คน เป็นกรรมการ รองเลขาธิการ กปร. เป็นกรรมการและเลขานุการ ที่ปรึกษาด้านการประสานงานและผู้แทนสำนักงาน กปร. เป็นกรรมการและผู้ช่วยเลขานุการ รวมกรรมการทั้งสิ้น ๒๓ คน มีหน้าที่กำหนดวัตถุประสงค์ นโยบาย และเป้าหมายในการดำเนินงาน รวมทั้งแนวทางการบริหารโครงการ อำนวยการควบคุม กำกับ ดูแล ให้การดำเนินงานเป็นไปตามแนวพระราชดำริที่ได้กำหนดไว้ ติดตามผลและให้คำแนะนำในการปฏิบัติงาน รวมทั้งการแก้ไขปัญหาและอุปสรรคในการบริหารงานให้บรรลุผล และกรรมการชุดนี้สามารถแต่งตั้งคณะอนุกรรมการ หรือคณะทำงาน หรือบุคคลเพื่อช่วยเหลือการปฏิบัติได้ตามความจำเป็น
อนุกรรมการแผนแม่บทและติดตามประเมินผล ประกอบด้วย เลขาธิการ กปร. เป็นประธานคณะอนุกรรมการ รองอธิบดีที่เกี่ยวข้อง ๕ กรม เป็นรองประธานอนุกรรมการ ผู้แทนจากกรมที่เกี่ยวข้อง ๙ กรม เป็นอนุกรรมการ ที่ปรึกษาด้านการประสานงาน สำนักงาน กปร. เป็นอนุกรรมการและเลขานุการ ผู้แทนสำนักงาน กปร. และผู้อำนวยการศูนย์ศึกษาการพัฒนาอันเนื่องมาจากพระราชดำริทั้ง ๖ ศูนย์ เป็นอนุกรรมการและผู้ช่วยเลขานุการ คณะอนุกรรมการชุดนี้มีอำนาจหน้าที่ดำเนินการศึกษาและรวบรวมข้อมูลเพื่อจัดทำแผนแม่บทของศูนย์ฯ ให้สอดคล้องกับแนวนโยบายของคณะกรรมการบริหาร ดำเนินการติดตามผลการดำเนินงานและพิจารณากลั่นกรองรายละเอียดโครงการและงบประมาณประจำปีตามที่ศูนย์ศึกษาการพัฒนาฯเสนอขอรับการสนับสนุน
องค์กรดำเนินงานศูนย์ศึกษาการพัฒนาฯ แต่ละศูนย์ ประกอบด้วย ผู้ดำเนินงานตามความเหมาะสม ซึ่งแต่งตั้งโดยประธานกรรมการบริหารโครงการ คืออนุกรรมการดำเนินงาน และคณะทำงานที่เป็นผู้แทนจากหน่วยงานต่างๆ ทั้งจากส่วนกลางและระดับพื้นที่มากกว่า ๑๐ กรม มาร่วมกันปฏิบัติงานคือ กรมพัฒนาที่ดิน กรมวิชาการเกษตร กรมป่าไม้ กรมอุทยานแห่งชาติสัตว์ป่าและพันธุ์พืช กรมปศุสัตว์ กรมประมง กรมชลประทาน สำนักงานตำรวจแห่งชาติ กรมส่งเสริมการเกษตร กรมส่งเสริมสหกรณ์ กรมพัฒนาสังคมและสวัสดิการ ฯลฯ ในจำนวนเหล่านี้จะมีเจ้าหน้าที่ของหน่วยงาน อำนวยการตามความจำเป็น