โดยมีขั้นตอนการดำเนินงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ ดังนี้ คือ
๑. เมื่อพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร
ประทับอยู่ในพระตำหนัก แต่มีเหตุการณ์ต่างๆ เกิดขึ้น เช่น มีพายุ หรืออุทกภัย ทำให้ประชาชนได้รับความเดือดร้อนอย่างหนัก ก็จะมีพระราชดำริให้เจ้าหน้าที่ผู้เกี่ยวข้องไปดำเนินการช่วยเหลือ
๒.เมื่อเสด็จพระราชดำเนินยังพื้นที่ต่างๆ จะพระราชทานพระราชดำริให้กับคณะผู้ตามเสด็จฯ (องคมนตรี เจ้าหน้าที่กรม /กอง ที่เกี่ยวข้อง ผู้ว่าราชการจังหวัด เจ้าหน้าที่สำนักงาน กปร. ฯลฯ)ดำเนินการโครงการต่างๆ
เจ้าหน้าที่ผู้เกี่ยวข้องซึ่งรับสนองพระราชดำริ จัดทำโครงการเสนอผู้บังคับบัญชาจนถึงปลัดกระทรวง เพื่อนำส่งสำนักงาน กปร.
สำนักงาน กปร. ประสานงาน วิเคราะห์ ว่าสอดคล้องกับพระราชดำริ แล้วนำเสนอ กปร. เพื่อพิจารณาอนุมัติ
ที่ประชุม กปร. หรือ ประธาน กปร. พิจารณาอนุมัติ
สำนักงาน กปร.แจ้งหน่วยงาน และสำนักงบประมาณ เพื่อดำเนินการต่อไป
หน่วยงานเหล่านั้นดำเนินการตามแผนงานโครงการ
สำนักงาน กปร. ทำการติดตาม ประเมินผล จัดทำรายงานทูลเกล้าฯ ถวาย แจ้งหน่วยงานที่เกี่ยวข้องเพื่อปรับปรุงแก้ไขให้ได้ประโยชน์สูงสุดตามพระราชดำริที่ได้พระราชทานไว้
๓. การถวายฎีกา มีขั้นตอนการดำเนินงาน ดังนี้
เมื่อมีการถวายฎีกาเกี่ยวกับโครงการทางด้านการพัฒนา
สำนักงาน กปร. จะทำหน้าที่ตรวจสอบข้อมูล หาข้อเท็จจริง เพื่อจัดทำรายละเอียดกราบบังคมทูลฯ เพื่อขอพระราชทานพระราชวินิจฉัย
หากทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้เป็นโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริก็จะพระราชทานแนวพระราชดำริว่าควรพัฒนาตรงนั้นอย่างไร จากนั้น สำนักงาน กปร. ก็จะดำเนินการประสานให้หน่วยงานที่เกี่ยวข้องเข้าดำเนินการเช่นเดียวกับโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ